本当に混乱します。

influenzer@influenzer3·12時間

6月に発表された報告では、
タヌキやミンクなどSARS-CoV-2に感染可能な動物が、
武漢の多数の市場で生きたまま売買されていた事が判明している。

SARSに関する過去の検討でも、
原因ウイルス(SARS-CoV)の先祖が、

動物から人へ恐らく何度も感染していたと結論づけていた。
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988647826747396?s=20

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武漢での流行はほぼすべてL型で、
その後の欧州での拡大ではS型が主体となった事から、

L型からS型へ変異したと当初は考えられていました。

今回紹介した検討では、2系統に共通の先祖は存在せず、
それぞれ独立して人間界に入ってきたのだと主張しているわけです。
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988651865866248?s=20


ちなみに、下記は昨年6月のNatureの総説。
ここでは両者には共通の先祖が存在すると想定しており、
これが枝分かれして別々に進化したと論じています。
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988653363163139?s=20

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両者とも武漢外でヒト感染を繰り返しながら独自に進化していたが、
clade 1が最初に大都市武漢にたどり着いて
アウトブレイクが発生したと推測しています。

2つの系統の違いは、ORF8とORF1ab上の特定部位の
それぞれ1個所、合計2か所のアミノ酸の違いのみです。
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988654667644934?s=20

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これがさらなる検討で事実であると確認されれば、

今回のパンデミックが中国・武漢の
市場に由来するという仮説が有力となり、

実験室からの流出である可能性は低いという事になる。

しかし、データは検証される必要があり、
分析結果もまだ査読を経たものではない。
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988045654646784?s=20

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→このA、Bの2つの系統は、
　かつてはclade 1、clade 2と呼ばれていたものです。

流行初期ではL型、S型とも呼ばれていた事があり、
L型がclade 1、S型がclade 2に相当しています。
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988650448191489?s=20


現在の世界の流行株は、変異株も含め、
すべてclade 2由来のD614G変異株から派生したものです(多分)。

名称がどんどん変わるので、本当に混乱します。

A race to determine what drives COVID-19 severity
https://nature.com/articles/d41586-020-01915-3
https://twitter.com/influenzer3/status/1440988657716891648?s=20